Перед тем как исчезнуть навсегда, древняя цивилизация разбросала по миру наделенные огромной мощью артефакты. Защита этого наследия от посягательств злых сил возложена в наши дни на секретную организацию Аркам, располагающую отрядом элитных бойцов под названием Спригган. Вмешательство Сприггана потребовалось после того, как экспедиция ученых случайно обнаружила в недрах горы Арарат Ноев ковчег.

Во время миссии по поимке хорька на Сакуру, Сикамару и Наруто нападают неизвестные ниндзя. Наруто, разлучённый со своей группой, узнает о силе, которая не имеет ничего общего с Чакрой, и о древней исчезнувшей цивилизации. После воссоединения со своими товарищами, Наруто вынужден начать борьбу за спасение всего мира.

Путешествие 15-летнего Дзюна Тэндо, против собственной воли оказавшегося в далеком таинственном прошлом, кишащем монстрами, драконами и загадочными потусторонними силами. Мальчик отправляется на 1200 лет назад, не предполагая, что он единственный, кто может спасти человечество и положить конец войне между людьми и демонами.