В один прекрасный день случилось чудо — посреди Тихого океана из ниоткуда вдруг появился целый континент! Этот новый материк оказался родным домом для целого сонма новых загадочных видов растений, животных и минералов. Человечество вовсю будоражит от восторга и трясёт от предвкушения приключений. Так начинается новая захватывающая эра первооткрывателей и исследователей!

Конохамару Сарутоби просит Наруто помочь в поисках легендарного тёмно-красного четырёхлистного клевера, который, по слухам, может исполнить любое желание. А желание у Конохамару одно — остановить отъезд своей возлюбленной Каэдэ Ёсино. Ситуация осложняется и тем, что уникальный клевер растёт лишь в запретной зоне. Но двое друзей всё же отправляются в полное опасностей путешествие.

На родную деревню Наруто нападают ниндзя-изгои и захватывают в заложники местных жителей. Цель нападавших — эликсир Вода героя, который на короткое время увеличивает чакру в 10 раз. Поскольку Какаси Хатакэ находится в отъезде, Наруто и его друзьям придётся самим разобраться с врагами.

Наруто принимает участие в спортивных соревнованиях, но внезапно у него возникают проблемы с пищеварением.

Наруто решает принять участие в состязаниях ниндзя, в которых новички получают шанс схлестнуться со своими наставниками. Пытаясь сосредоточиться, Наруто становится одержим противостоянием с Какаси Хатакэ.

Человек в маске, представленный зрителю как Учиха Мадара, решает завладеть силой девятихвостого, для чего проникает в Коноху, где сталкивается с Наруто и Сакурой. С помощью силы глаз использует технику «Цукиёми», которая погружает героев в параллельную реальность, где всё наоборот, родители Наруто живы, Сакура дочь героев деревни, Саске никуда не уходил, Акацки защищают Коноху, и всё кажется