Действие происходит во временной линии бета. Ринтаро Окабэ, путешествуя во времени, пытался спасти возлюбленную, но вместо этого случайно её убил. Страдая от посттравматического синдрома и чувства вины, парень узнаёт, что есть программа, позволяющая сгружать сознание человека в искусственный интеллект. И к его удивлению, оказывается, существует цифровая версия его погибшей девушки.

Уже несколько лет человечество ведет войну с «неизвестным» врагом. Противник настолько силен, что есть лишь одна надежда: дети, которые когда-то в целях безопасности были погружены в криогенный сон, теперь пробудились и получили сверхъестественные способности.