Однажды одинокий, нелюдимый и неряшливый старшеклассник Аманэ замечает подавленную и сидящую на качелях под дождём самую красивую и популярную девушку школы Махиру, которая учится с ним в одном классе. Отдав промокшей бедолаге зонт, Аманэ спешно уходит, но на следующий день заболевает. Чувствуя свою вину, Махиру решает заботиться об однокласснике.

Год назад Ринтаро Окабэ удалось стабилизировать мировую линию, в которой ни один из его друзей не погибает. Однако многочисленные путешествия во времени, которые он тогда совершил, привели к возникновению множества побочных эффектов. Накопившись, они вызвали исчезновение Ринтаро из этого мира. И только его девушка Макисэ помнит о нём. Будучи талантливым физиком, она начинает искать способы