Двое молодых, разумеется гениальных, учёных оказываются единственными, кто может предотвратить внезапно нависшую над человечеством опасность, когда Годзилла восстаёт из морской пучины.

Юкио, Рин и Сиэми отправляются на задание по уничтожению поезда-призрака, который терроризирует окрестности Тру-Крос-Тауна, похищая души людей, по ошибке севших в него.