Далекое будущее. Преступная корпорация Гайя стала злейшим врагом Земли, отобрав у людей все: свободу, дом, будущее. Казалось, что надежды на спасение нет, но, появился он — космический пират Харлок, капитан призрачного корабля «Аркадия». Беглец, готовый сражаться за Землю. Кто он — герой или преступник?

16-летний Ходака Морисима убегает из дома в Токио, где у него сразу кончаются деньги. Мало того, что без документов он не может найти работу, так ещё на улице идёт бесконечный дождь, и небо постоянно затянуто тучами. В отчаянии парень обращается к бывшему попутчику, а тот не только берёт его в свой журнал, пишущий о сверхъестественном, но и предоставляет жильё. Однажды Ходака знакомится с