Бывший суперзлодей Мегамозг встал на путь исправления и получил звание супергероя. Неожиданно в Метро-Сити возвращается команда его приспешников — Синдикат рока. Мегамозг решает не примыкать к злу, а бороться с ним.

Мегамозг, гениальный учёный-изобретатель, прилетевший с другой планеты, превратился из суперзлодея в настоящего героя и спасителя Метро-Сити. Он с трудом привыкает к новой роли и помимо совершения геройских поступков учится вдохновлять людей, как это делал в своё время Мачомэн.