После смерти приемного отца юный Сиро Эмия жил-поживал в одиночестве в огромном поместье. Вырос 16-летний парень добрым, работящим и хозяйственным, потому был окружен заботой и вниманием сразу двух девушек — школьной подруги Сакуры Мато и учительницы Таиги Фудзимуры, формально — опекуна, на деле — скорее старшей сестры. Все рухнуло, когда Сиро узнал, что родной город Фуюки — арена магической

Эмия Сиро - молодой маг из Академии Хомурахара в городе Фуюки. Однажды он становится свидетелем борьбы между сверхчеловеческими существами за Святой Грааль - ритуала, когда маги созывают Мастеров и их слуг сражаться друг с другом. Сиро пытается остановить главного злодея, не дать ему выиграть заветный Грааль и спасти невинных людей. Но всё выходит из-под контроля, когда таинственная Тень начинает

Война за Святой Грааль в самом разгаре. Сакура Мато, будучи не в силах выдержать собственные грехи, обращается в тень. А Сиро Эмия готов защищать её до последнего. Даже сейчас, когда он знает правду, юноша всё равно собирается идти до конца в своём «правосудии». Вместе с Рин Тосакой он решает закончить войну за Святой Грааль.