Противостояние главного героя и команды SEES со странными монстрами, называемыми Тенями, приближается к концу. Макото и его сторонники ведут сражения насмерть, чтобы положить конец Тёмному Часу. В окружении Макото появляется загадочный студент по обмену. Шестерни судьбы начинают вращаться с каждым новым утром для SEES. Между героями нарастает напряжение.

Макото и его союзники выросли и прошли через много встреч, расставаний и испытаний. Их борьба ведется уже не ради мира, а ради их самих. Они продолжают сражаться, веря, что в конце их ждут мирные дни. Однако Юки утверждает, что разрушение — это судьба человечества, которую люди должны принять.

Сотни людей с экстраординарными способностями заканчивают жизнь самоубийством, а на месте их гибели остается загадочный туман. За расследование этого дела берется «Боевое Детективное Агентство», сотрудники которого тоже обладают сверхъестественной силой.

Воздушный флот организации WILLE успешно проводит парижскую операцию: отбивается от армии беспилотных роботов, активирует гигантский уплотнительный столб, восстанавливает город и заполучает боеприпасы и запчасти «Евангелионов». А в это время потерявший волю к жизни из-за смерти Каору и чуть было не устроенного им самим Четвёртого удара Синдзи вместе с Рэй послушно следует за Аской, и вскоре